Tam olarak yapmak istediğini anlayamadım ancak cevap olabilir diye aşağıya birkaç tüyo bırakıyorum.
1- Bungeecord altyapısına sahipsen viaversion eklentisinin bungeecord dahil her sunucuya kurulması gerekiyor.
2- Eğer tek bir sunucun varsa ve buna viaversion kurduysan eklemek istediğin tüm pluginlerin ana sunucu sürümünle uyuşuyor olmalı. Örn: Ben 1.8.8 sunucu açtım buna viaversion ekledim. Tamam şimdi 1.9 ve üstündekilerde sunucuma girebilecek ama ben sunucuma eklenti atarken 1.16 için yapılmış eklentileri atamam çünkü sunucum 1.8.8. Viaversion sadece girişleri serbest hale getirir.